Tag: COVID-19

Andamento di R0
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Quando arriva il picco? Appunti sulla previsione dei casi di COVID-19

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Publication date: 02/05/2020 – E&P Code: repo.epiprev.it/1460
Authors: Paolo Girardi1, Marco Braggion2, Elena Schievano2

Abstract: Proponiamo una breve descrizione teorica del modello SEIR per l’analisi della diffusione del virus COVID-19 e una procedura di stima dinamica e previsiva di R0. Applichiamo ai dati italiani una procedura di ottimizzazione basata sulla funzione di log-verosimiglianza per il calcolo del tasso di infettività e della frazione di esposti. Infine calcoliamo, per mezzo di una procedura di calibratura, la previsione degli infetti a 14 giorni dall’ultimo dato disponibile. Tutte le analisi vengono rese disponibili pubblicamente su un repository GitHub.

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Comparison of 2020 mortality to 2015-19: geographical distribution of the permutation-based p-values based on included population
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Identifying the Italian provinces with increased mortality during CoVID epidemics using the data made available by Istat – a methodological challenge

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Publication date: 02/05/2020 – E&P Code: repo.epiprev.it/1446
Authors: Lara Lusa1

Abstract: During the CoVID epidemics in Italy it became of great interest to investigate the number of occurred deaths, regardless of their confirmed CovID positivity. To address this problem, on April 1st the Italian National Statistical Office (Istat, Istituto Nazionale di Statistica) published the data of a selected group of Italian municipalities, making available the number of deaths observed on a daily basis from January 1st to March 21st 2020; data were stratified by gender and in class categories. To make comparisons with the previous years possible, the daily stratified number od deaths that occurred from 2015 to 2019 in the same period were also published. Later, the data were updated weekly and at the time of writing three data releases were available, which included the number of deaths up to April 4th. Istat clarified that only municipalities with at least 20% mortality increase compared to 2015-19 were included in the dataset.

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COVID-19

Ricerca dei contatti (contact tracing): presa in carico in sanità pubblica di persone, compresi gli operatori sanitari, che hanno ha avuto contatti con casi COVID-19 nell’Unione Europea – secondo aggiornamento 8 aprile 2020. (ECDC)

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Publication date: 28/04/2020 – E&P Code: repo.epiprev.it/1410
(Traduzione di) Angela Giusti1

Abstract: traduzione del documento originale ECDC “Contact tracing: public health management of persons, including healthcare workers, having had contact with COVID-19 cases in the European Union” – second update. 8 April 2020. Il documento sintetizza le linee d’indirizzo per modalità di ricerca dei contatti e la presa in carico delle persone, inclusi i professionisti della salute, che sono entrate in contatto con casi sospetti o confermati di COVID-19.

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Quinto Rapporto
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Andamento della Mortalità Giornaliera (SiSMG) nelle città italiane in relazione all’epidemia di Covid-19. Report 1′ Febbraio – 18 Aprile 2020 (quinto rapporto)

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Publication date: 24/04/2020 – E&P Code: repo.epiprev.it/1386
Authors: (a cura di) Marina Davoli,1 Francesca de’ Donato,1 Manuela De Sario,1 Paola Michelozzi,1 Fiammetta Noccioli,1 Daniela Orrù,1 Pasqualino Rossi,2 Matteo Scortichini1

Sintesi. Il rapporto (dati aggiornati al 18 aprile) documenta per la quinta settimana consecutiva gli eccessi di mortalità nelle città italiane incluse nel SiSMG in relazione all’epidemia di COVID-19.
A partire dall’inizio di marzo, nelle città del nord si rileva un incremento della mortalità pari a +76%, mentre nelle città del centro-sud l’incremento è stato più contenuto (+10%) e si è registrato, a partire da metà marzo, soprattutto nelle classi di età 75-84 e 85+ anni.
Nelle ultime due settimane si sta osservando un rallentamento della crescita della mortalità, più marcato nell’ultima settimana. In particolare è evidente la riduzione dell’incremento di mortalità nella classi di età 65-74 e 75-84 anni. Simile andamento seppure più contenuto, si osserva tra le città del centro-sud, anche in questo caso a carico delle classi di età 65-74 e 75-84 anni.
I dati della sorveglianza mostrano una riduzione nel numero dei decessi giornalieri a Milano, Brescia, Aosta e Venezia. Si osserva inoltre un rallentamento della crescita con valori stabili a Bolzano, Trento, Verona, Torino, Genova.

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Distribuzione e determinanti dei tempi di negativizzazione del tampone nasofaringeo per SARS-CoV-2 e di conferma della clearance virale: uno studio di popolazione sulla coorte di Reggio Emilia

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Publication date: 24/04/2020 – E&P Code: repo.epiprev.it/1376
Authors: Pamela Mancuso1, Francesco Venturelli1,2, Massimo Vicentini1, Cinzia Perilli3, Elisabetta Larosa3, Eufemia Bisaccia3, Emanuela Bedeschi3, Paolo Giorgi Rossi1, Reggio Emilia COVID-19 Working Group4

Abstract: Obiettivi. Descrivere la distribuzione dei tempi di negativizzazione del tampone nasofaringeo dalla diagnosi di COVID-19 e dall’insorgenza dei sintomi, valutando possibili determinati della durata della positività.
Obiettivo secondario è valutare la probabilità di conferma di clearance virale (doppio test negativo) e possibili determinanti.
Disegno. Studio di coorte prospettico.
Setting e partecipanti. Lo studio include tutti i 4538 soggetti risultati positivi per SARS-CoV-2 al 21 aprile 2020 e residenti in Provincia di Reggio Emilia. L’analisi principale include 1162 soggetti sintomatici con follow up di almeno 30 giorni (diagnosi precedente al 22 Marzo 2020).
Misure di outcome. Negativizzazione della ricerca di SARS-CoV 2 tramite RT-PCR su tampone nasofaringeo. Outcome secondario è la conferma della clearance virale valutata con un secondo tampone negativo consecutivo al primo negativo.

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Toscana: analisi dei dati di mortalità per il periodo 1′ Gennaio-31 Marzo 2020

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Publication date: 22/04/2020 – E&P Code: repo.epiprev.it/1316
Authors: Daniela Nuvolone1, Simone Bartolacci1, Cristina Padovano1, Mirko Monnini1, Marco Santini1, Francesco Profili1, Fabio Voller1

Abstract: Introduzione. Monitorare l’andamento della mortalità generale nei primi mesi del 2020 è di fondamentale importanza per valutare l’impatto dell’epidemia da Covid-19. ISTAT diffonde settimanalmente i dati di mortalità per un set di comuni subentrati nell’Anagrafe Nazionale della Popolazione Residente (ANPR).
La validazione e diffusione dei dati è iniziata, però dai comuni che hanno mostrato incrementi di mortalità maggiori a partire dal mese di Marzo 2020. Si tratta evidentemente di un bias di selezione che non consente stime sovracomunali. Per questi motivi, al fine di avere una maggiore rappresentatività regionale, l’Agenzia regionale di sanità della Toscana (ARS) ha pianificato una survey specifica. L’obiettivo era avere una panoramica la più completa possibile e recuperare anche i dati dei centri più grandi non inclusi nel gruppo di comuni fornito da ISTAT.

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Predicted effects of stopping COVID-19 lockdown on Italian hospital demand

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Publication date: 22/04/2020 – E&P Code: repo.epiprev.it/1312
Authors: Jordy Bollon1, Matteo Paganini2, Consuelo Rubina3, Nello De Vita1, Rosanna Vaschetto1, Luca Ragazzoni1,2, Francesco Della Corte1,2, Francesco Barone-Adesi1,2

Abstract: Objective: Italy has been one of the first countries to implement mitigation measures to curb the COVID-19 pandemic. There is now a debate on when such measures should be loosened. Our aim was to forecast the Italian hospital demand for COVID-19 during the following months, assuming different approaches in reducing the restrictions currently in place.

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Proposta di strategia per la ottimizzazione della diagnostica di biologia molecolare verso il COVID-19 in Italia

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Publication date: 20/04/2020 – E&P Code: repo.epiprev.it/1281
Authors: Antioco Franco Sedda1

Abstract: L’unico test attualmente utile per la diagnosi affidabile di COVID-19 (alta sensibilità e specificità, pari al 95% per entrambe) è un test molecolare dell’RNA del virus con metodo Real Time PCR.

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Riflessioni sulla mortalità da Covid-19: cosa sappiamo sulla mortalità per malattie riconducibili a infezioni e le questioni che necessitano di approfondimento

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Publication date: 20/04/2020 – E&P Code: repo.epiprev.it/1278
Authors: Elisabetta Chellini1, Andrea Martini1, Lucia Giovannetti1

Abstract: Viene esaminata a partire dai dati del Registro di Mortalità Regionale toscano la mortalità per malattie riconducibili ad infezioni e nelle età più anziane (> 75 anni) in periodo pre-emergenziale in Toscana.
Nelle prime 7 settimane di emergenza i decessi in pazienti Covid-19 sono stati più del doppio di quelli attesi per cause infettive in un analogo periodo negli ultimi 10 anni di disponibilità della mortalità per causa. Dopo aver esaminato i lavori pubblicati o inseriti su piattaforme web sulla mortalità in Italia in periodo emergenziale vengono formulate riflessioni per approfondimenti sulla mortalità per causa e luogo di decesso che possono essere effettuate utilizzando le schede ISTAT di decesso, che, in base alla normativa vigente, devono essere utilizzate a livello locale per motivi sanitari e amministrativi..

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Strategie di sorveglianza e biomonitoraggio del contagio da SARS-CoV-2 tramite tamponi individuali, pool testing e test sierologici: un protocollo per affrontare il dopo lockdown in Regione Toscana

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Publication date: 20/04/2020 – E&P Code: repo.epiprev.it/1235
Authors: Gruppo di lavoro dell’Istituto per lo studio e la prevenzione oncologica (ISPRO)1: Francesca Maria Carozzi, Marco Peluso, Armelle Munnia, Irene Paganini, Simonetta Bisanzi, Donella Puliti, Marco Zappa, Cristina Sani, Elena Burroni; Gruppo di lavoro del Dipartimento di statistica, informatica, applicazioni (DISIA)2: Michela Baccini, Fabrizia Mealli, Giulia Cereda, Anna Gottard, Marco Pedone, Emilia Rocco, Cecilia Viscardi; Gruppo di lavoro dell’Agenzia Regionale di Sanità della Toscana (ARS Toscana)3: Mario Braga, Fabio Voller, Francesco Profili, Paolo Francesconi.

Abstract. L’epidemia da SARS-CoV-2 in pochi mesi si è rapidamente diffusa dalla Cina al resto del mondo. L’Italia è stato il primo paese Europeo pesantemente colpito dal contagio e il nostro servizio sanitario è stato ed è tuttora messo a dura prova dal moltiplicarsi dei casi di COVID-19.

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Gestione clinica dell’infezione respiratoria acuta severa (SARI) quando si sospetta la malattia COVID-19. (OMS)

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Publication date: 20/04/2020 – E&P Code: repo.epiprev.it/1230
(Traduzione a cura di) Achille Cernigliaro1; Elise Chapin2, Anna Iossa3, Daniela Segreto1 e Salvatore Scondotto1

Abstract. Questa è la traduzione in italiano della seconda edizione (versione 1.2) del documento dell’OMS sul nuovo coronavirus SARS-CoV-2 che causa la malattia COVID-19. Il documento è , a sua volta, un adattamento della pubblicazione «Gestione clinica di soggetti con infezioni respiratorie acute di grado severo, quando si sospetta un’infezione da MERS-CoV (OMS, 2019)».
Questo testo è destinato ai medici coinvolti nella cura di pazienti adulti, di donne in gravidanza e di soggetti in età pediatrica con, o a rischio di, infezione respiratoria acuta di grado severo (SARI) quando si sospetta un’infezione da virus SARS-CoV-2. Non ha lo scopo di sostituire il giudizio clinico o la consultazione specialistica, ma piuttosto di rafforzare la gestione clinica di questi pazienti e di fornire una guida aggiornata. Sono incluse le migliori pratiche per la prevenzione e il controllo delle infezioni (IPC), il triage e le cure di supporto ottimizzate.
Il documento fornisce ai medici una guida intermedia aggiornata sulla gestione tempestiva, efficace e sicura dei pazienti con sospetta o confermata COVID-19.

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Andamento della Mortalità Giornaliera (SiSMG) nelle città italiane in relazione all’epidemia di Covid-19, 1 Febbraio – 11 Aprile (quarto rapporto)

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Publication date: 18/04/2020 – E&P Code: repo.epiprev.it/1215
Authors: (a cura di) Marina Davoli,1 Francesca de’ Donato,1 Manuela De Sario,1 Paola Michelozzi,1 Fiammetta Noccioli,1 Daniela Orrù,1 Pasqualino Rossi,2 Matteo Scortichini1

Abstract. Si riportano i dati di mortalità giornaliera del sistema di sorveglianza SiSMG in relazione all’epidemia COVID-19 in 19 città italiane aggiornati all’11 aprile 2020; le analisi sono state effettuate solo su dati consolidati.
Il rapporto documenta per la quarta settimana consecutiva gli eccessi di mortalità in 19 delle 34 città italiane incluse nel SiSMG in relazione all’epidemia di COVID-19.
A partire dall’inizio di marzo, nelle città del nord si rileva un incremento della mortalità pari a +72%, mentre nelle città del centro-sud l’incremento è stato più contenuto (+10%) e si è registrato, a partire da metà marzo, soprattutto nelle classi di età 75-84 e 85+ anni.
I dati della sorveglianza hanno confermato eccessi di mortalità maggiori negli uomini rispetto alle donne, fenomeno più evidente nelle città del nord, con un trend di rischio crescente con l’età.

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Valutazione del possibile rapporto tra l’inquinamento atmosferico e la diffusione del SARS-CoV-2

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Publication date: 17/04/2020 – E&P Code: repo.epiprev.it/1178
Authors: Marco Baldini1, Silvia Bartolacci1, Giuseppe Bortone2, Annamaria Colacci2, Katiuscia Di Biagio1, Valerio Di Buono3, Jacopo Dolcini3, Giangabriele Maffei4, Stefano Marchesi2, Ada Mescoli4, Federica Parmagnani2, Gelsomina Pillo2, Vanes Poluzzi2, Andrea Ranzi2, Stefania Serra2, Thomas Valerio Simeoni1, Stefano Zauli Sajani2

Abstract: La rapida e drammatica diffusione dell’epidemia di COVID-19 ha richiamato l’attenzione di studiosi e ricercatori di tutte le discipline nell’intento di comprendere non solo le modalità di propagazione del virus SARS-CoV-2 e dei suoi meccanismi di interazione con l’ospite, ma anche di indagare tutte le possibili concause che possono aver giocato un ruolo determinante nel numero dei contagi e nella severità della malattia.
In tale contesto, abbiamo cercato di comprendere, sulla base delle attuali conoscenze, il ruolo che i fattori ambientali, incluso il particolato aerodisperso, potrebbero avere avuto sulla diffusione della pandemia da SARS-CoV-2 e, in particolare, sulla severità dei sintomi e degli esiti sanitari, e ad approfondire la possibile interazione tra gli inquinanti atmosferici e le infezioni respiratorie, anche sulla base del meccanismo di azione del virus con l’ospite. L’analisi effettuata ha consentito di rilevare alcune aree di ricerca meritevoli di ulteriori approfondimenti.

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Test sierologici: sensibilità, specificità, valore predittivo positivo (VPP) e negativo (VPN); studio di accuratezza diagnostica

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Publication date: 17/04/2020 – E&P Code: repo.epiprev.it/1168
Authors: Piergiorgio Duca1

Abstract. In relazione alla cosiddetta fase 2 dell’emergenza coronavirus si parla, con una certa leggerezza, di “certificazione di immunità” per le persone che risultassero positive ai test sierologici sugli anticorpi. L’articolo propone qualche chiarimento “statistico” sull’uso di test a questo scopo.

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Inquinamento atmosferico e epidemia COVID-19: la posizione della Rete Italiana Ambiente e Salute

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Publication date: 17/04/2020 – E&P Code: repo.epiprev.it/1145
Authors: Steering Committee del progetto CCM RIAS: Carla Ancona1, Paola Angelini2, Lisa Bauleo1, Fabrizio Bianchi3, Lucia Bisceglia4, Ennio Cadum5, Annalaura Carducci6, Maria Luisa Clementi7, Annamaria Colacci8, Aldo Di Benedetto9, Francesco Forastiere10, Ivano Iavarone11, Paola Michelozzi1, Fabrizio Minichilli3, Andrea Ranzi8, Lorenzo Richiardi12, Massimo Stafoggia1
Autore per corrispondenza: Carla Ancona (c.ancona@deplazio.it)

Abstract. In queste ultime settimane, sono stati diffusi online contributi sotto forma pre-print (senza peer-review) che discutono o presentano analisi di dati sulla relazione tra i livelli di inquinamento atmosferico e l’epidemia di COVID-19 (malattia del Coronavirus causata dalla SARS-CoV-2). L’attenzione è posta in particolare sui potenziali effetti del particolato fine (PM), sulla diffusione della epidemia e sulla prognosi delle infezioni respiratorie.

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Un health inequalities impact assessment (HIIA) della pandemia di COVID-19 e delle politiche di distanziamento sociale

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Publication date: 14/04/2020 – E&P Code: repo.epiprev.it/1143
Authors: Michele Marra1, Giuseppe Costa2

Abstract. L’epidemia di coronavirus e le conseguenti politiche di distanziamento sociale sembrerebbero poter aver un impatto notevole sulle disuguaglianze di salute e sulla distribuzione dei determinanti sociali di salute, rappresentando quindi una minaccia per il prossimo ed ulteriore ampliamento dei già iniqui livelli di benessere fisico e psichico vissuti da differenti strati sociali della popolazione.
Le ragioni possono essere molteplici, quali la differente esposizione, vulnerabilità e conseguenze al contagio e all’esperienza di malattia, il differente accesso al sistema sanitario, i differenti contraccolpi che le misure di contenimento possono avere sul lavoro, sul reddito, sull’istruzione e sui fattori di rischio comportamentali e relazionali della popolazione, così come, indirettamente, le ricadute della sospensione di molti percorsi di cura e assistenziali orientati a rispondere alle esigenze di salute della popolazione e soprattutto delle sue fasce più fragili.

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La protezione respiratoria contro il virus SARS-CoV-2

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Publication date: 14/04/2020 – E&P Code: repo.epiprev.it/1083
Authors: Stefano Silvestri1, Alessia Angelini2, Pietrogino Barbieri3, Fabio Capacci4, Francesco Carnevale4, Fulvio Cavariani5, Orietta Sala6

Abstract. Gli autori di questo testo sono medici ed igienisti del lavoro ben coscienti che l’approvvigionamento di DPI sia molto difficile e che rappresenti sicuramente un aspetto critico in questa emergenza.
Tuttavia ritengono opportuno fare alcune precisazioni che riguardano soprattutto il personale impegnato nelle strutture sanitarie ad ogni livello e la protezione della popolazione generale.
Queste precisazioni hanno per oggetto unicamente le maschere di protezione respiratoria, argomento alquanto dibattuto oggigiorno e che riveste aspetti sicuramente prioritari, ma si tiene a ricordare che la protezione respiratoria rappresenta soltanto una parte della prevenzione dal contagio, che si attua mediante l’informazione, la formazione, altri dispositivi di protezione individuale e collettiva e l’ottemperanza di corrette procedure di lavoro.
I dati sui contagi e sui decessi del personale sanitario impegnato in prima persona nei luoghi di soccorso e di cura, non sono altro che un tragico effetto della mancata attuazione di corrette misure di prevenzione.

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I dati ISTAT sulla mortalità a Marzo 2020 presentano un bias di selezione?

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Publication date: 10/04/2020 – E&P Code: repo.epiprev.it/1123
Authors: Corrado Magnani1, Dario Gregori2

Abstract. Il 1′ aprile ISTAT ha dato la disponibilità dei dati di mortalità a livello comunale per il periodo 1 – 21 Marzo per 1.084 comuni, senza però fornire dettagli sul criterio di selezione. Abbiamo subito utilizzato questi dati, confidando che non vi fossero altri criteri di selezione oltre a quelli operativi richiesti per la disponibilità tempestiva dell’informazione.
Le informazioni a livello comunale sono state ampiamente usate, non solo da noi, per rispondere ad alcuni quesiti che riteniamo di estremo rilievo, in particolare per quanto riguarda la variazione della mortalità in eccesso rispetto a quanto attribuito ufficialmente all’epidemia, anche con proiezioni a livello regionale e nazionale. Nei 1084 comuni del campione dal 1 al 21 marzo 2020 si sono osservati 16.126 decessi mentre l’atteso sulla base della media 2015-2019 era di 7.843,4 morti. Da questo si rileva l’importanza di poter usare questi valori per stimare l’eccesso di mortalità a livello regionale e nazionale.
Nulla di tutto questo è fattibile correttamente poiché il campione è stato selezionato in modo distorto, con un chiaro bias di selezione.

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Andamento della Mortalità Giornaliera (SiSMG) nelle città italiane in relazione all’epidemia di Covid-19, 1 Febbraio – 4 Aprile (terzo rapporto)

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Publication date: 10/04/2020 – E&P Code: repo.epiprev.it/1106
Authors: (a cura di) Marina Davoli,1 Francesca de’ Donato,1 Manuela De Sario,1 Paola Michelozzi,1 Fiammetta Noccioli,1 Daniela Orrù,1 Pasqualino Rossi,2 Matteo Scortichini1

Abstract. Si riportano i dati di mortalità giornaliera del sistema di sorveglianza SiSMG in relazione all’epidemia COVID-19 in 19 città italiane aggiornati al 4 aprile 2020; le analisi sono state effettuate solo su dati consolidati (31 marzo).
La mortalità giornaliera (deceduti e residenti nel Comune) viene ricostruita attraverso le denunce di decesso inviate nelle 72 ore successive e confrontata con la serie storica di riferimento (valore atteso). Per ogni città, la mortalità giornaliera attesa è definita come la media per giorno della settimana e numero della settimana calcolata nei 5 anni precedenti e pesata per la popolazione residente (dati ISTAT) per tenere conto del progressivo invecchiamento della popolazione. La stima dell’eccesso di mortalità viene calcolata come differenza tra i valori della mortalità osservata e i valori della mortalità attesa. Non è disponibile l’informazione sulla causa di morte.

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Oltre il picco: analisi e previsioni dell’epidemia da SARS-CoV-2 in Toscana

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Publication date: 10/04/2020 – E&P Code: repo.epiprev.it/1085
Authors: Michela Baccini1, Giulia Cereda1, Cecilia Viscardi1, Anna Gottard1, Fabrizia Mealli1

Abstract. L’Italia è stato il primo stato europeo raggiunto dall’epidemia da SARS-CoV-2 e rappresenta uno dei paesi attualmente più colpiti dal contagio. Seguendo l’esempio della Cina, ha attuato misure progressive di distanziamento sociale fino a un completo lockdown esteso a tutta la nazione.
Il reale processo di diffusione di una malattia infettiva è molto complesso e dipende da innumerevoli fattori, ma sotto alcune assunzioni la dinamica del processo può essere semplificata e riprodotta attraverso modelli matematici. In questo articolo utilizziamo un modello compartimentale di tipo SIRD, calibrato sui decessi osservati per descrivere l’andamento dell’epidemia da SARS-CoV-2 nella regione Toscana.
Questo modello è da noi utilizzato per stimare uno scenario controfattuale di evoluzione naturale del contagio in assenza di politiche di distanziamento sociale, per valutare l’efficacia delle misure di contenimento intraprese e per produrre previsioni a breve e medio-lungo termine utili al fine di pianificare azioni nell’immediato futuro.

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